Има много истории и легенди за това чудо, създадено от човека, чиято родина е загадъчният и уникален Изток.

Налице са тези джуджета, които познаваме с японското име "бонсай", не в Япония, а в Китай преди повече от две хиляди години. Но легендите за тях се появиха по-късно. Както се казва в легендата, императорът на династията Хан, който управлява от 206 до 220 г., решава да създаде в градината на своя дворец малко копие на империята. С истинска китайска скрупула, всички хълмове, реки, езера и, разбира се, малки дървета бяха пресъздадени. Въпреки това едва ли би било възможно да се пресъздадат дърветата в миниатюрна форма, ако не за традицията, която вече е била разработена по това време.

Пензай (китайско четене на йероглифи) - дърво "отгледано в табла" - се появи в Небесната империя, както се казва, "не от добър живот". Повечето от бедните хора, обитавали китайски градове, бяха от селото, а копнежът на нови жители на земята доведе до особен начин да отглеждат джуджета вкъщи. 
Смята се, че първият бонсай е отгледан в порцеланов съд от великия китайски поет и художник Уанг Уей.

И ето тук и се появи в градината на двореца на императора на гората и на горичката на селяните. Очевидно владетелят е бил привързан към даоизма, защото таоистите вярвали, че като правят обекта миниатюрен, вие получавате власт над него и можете да притежавате всичките му магически качества.

До 18-ти век в Япония, техниката на отглеждане на бонсай се е превърнала в много изтънчена форма на изкуството. И тогава от манастирите и дворци на японската аристокрация страст беше да проникне в къщата на самурая и началото на XIX век, се е превърнал в национален феномен, разпространява във всички сектори на японското общество. 
По това време, миниатюрни дървета нарича hachinoki - "дървета в купища".

Голяма роля в развитието на това изкуство, като национално явление, играе император Мейджи, който е талантлив поет и познавач на бонсай. В годините на своето царуване се появява терминът "артистичен бонсай".